De Tweede Wereldoorlog ging niet onopgemerkt voorbij in Drie Fonteinen. Net zoals tijdens de Eerste Wereldoorlog het geval was geweest, werden ook nu weer de drie kasteeldomeinen door de Duitse bezetter opgeëist voor de duur van de oorlog. De gebouwen deden onder meer dienst als verblijfplaats voor hogere officieren, personeel van de Duitse spoorwegen en gewone militairen.
Net zoals veel andere plekken in Vilvoorde, kwam ook het gehucht Drie Fonteinen niet ongeschonden uit deze oorlog. Zo kregen onder meer het industriële complex ‘Molens Drie Fonteinen’ en de aanpalende huizen het zwaar te verduren in 1940. Het park zelf werd voornamelijk in het voorjaar van 1944 getroffen door een reeks zware luchtbombardementen. Zowel het kasteel ‘Drie Fonteinen’ als het Spaans Huis werden tot een ruïne herleid en gingen onherroepelijk verloren.
Ook na de oorlog was het leed nog niet geleden. Het Britse leger liet drie krijgsgevangenenkampen oprichten op (een deel van) het huidige domein. Deze kregen de namen P.O.W. Camp 2218, 2221 en 2230. Maar liefst 12 000 Duitse gevangenen werden hier opgesloten en tewerkgesteld in afwachting van hun terugkeer naar Duitsland. De kampen bleven in Brits bezit tot 1946 waarna de gronden opnieuw werden overgedragen aan de Belgische staat. De Britse kampbewakers verbleven in kasteel L'Ecluse. Ze hielden hier tijdens hun verblijf zodanig huis dat ook dit kasteel na hun vertrek tot een puinhoop was herleid. De Tweede Wereldoorlog zou achteraf bekeken een radicale breuk vormen in de geschiedenis van het Park Drie Fonteinen.
